حصل الدكتور الأيمن فتحي حسين على بكالوريوس الطب والجراحة جامعة المنيا فى ديسمبر 1990 وتم تعينه طبيب مقيم بقسم المسالك البولية بمستشفى المنيا الجامعى فى مارس 1992 وبعد حصوله على درجة الماجستير في المسالك البولية تم تعينه مدرس مساعد فى قسم المسالك البولية بكلية الطب جامعة المنيا فى 1995. وفى ابريل 1999 حصل على بعثة لدراسة أمراض الذكورة وعقم الرجال فى جامعة إلينوى بشيكاجو - أمريكا واتمام درجة الدكتوراه في المسالك البولية فى علاج حالات الإنسداد المنوى حيث تدرب تدريبا جيدا على جميع الإجراءات المتبعة في تشخيص وعلاج أمراض الذكورة وعقم الرجال وخاصة الجراحات الميكروسكوبية للإنسداد المنوى ودوالى الخصية واستخراج الحيوانات المنوية من الخصية لاستخدامها في الحقن المجهرى وشارك فى العديد من الأبحاث العلمية المرتبطة بأمراض الذكورة وعقم الرجال وكان له دور الريادة فى أبحاث علاج الانعدام المنوى اللانسدادى وحصل على زمالة أمراض الذكورة وعقم الرجال من جامعة إلينوى بشيكاجو - أمريكا فى ابريل 2001 ودكتوراه المسالك البولية فى مايو 2002 وتم تعينه مدرس جراحة المسالك البولية والتناسلية بكلية الطب جامعة المنيا.
واصل الدكتور الأيمن فتحي حسين نشاطه العلمى بعد عودته الى مصر وشارك فى العديد من المؤتمرات العلمية الدولية في مجال المسالك البولية والتناسلية وقام بإجراء المزيد من الأبحاث العلمية ونشرها فى المجلات العلمية الدولية فى مجالات علاج حالات الانعدام المنوى اللانسدادى وفى تشخيص وعلاج دوالى الخصية. ونتيجة نشاطه العلمى المتزايد ولأهمية ابحاثه ودراساته فى مجال أمراض الذكورة وعقم الرجال تمت دعوته لجامعة جولهان فى 2006 لالغاء محاضرتين فى مجالى علاج الضعف الجنسى بعد عمليات استئصال البروستاتا وعلاج دوالى الخصية باستخدام الميكروسكوب الجراحى ثم تمت دعوته لإلقاء محاضرات فى مجال عقم الرجال فى مؤتمر الجمعية الدولية للمسالك البولية SIU بمدينة كيب تاون في جنوب افريقيا 2006 وشانغهاى بالصين 2010 وفوكوكا باليابان 2012 وفانكوفر بكندا 2013 وجلاسجو باسكتلندا 2014.
نشر الدكتور الأيمن فتحي حسين العديد من الأبحاث فى اكبر المجلات العلمية الدولية المتخصصة في مجال المسالك البولية والتناسلية واهمها المجلة الأمريكية للمسالك البولية والمجلة الأمريكية للذكورة وعقم الرجال والمجلة البريطانية للمسالك البولية ومجلة الخصوبة والعقم الصادرة من الجمعية الأمريكية للطب الإنجابى. وفى عام 2010 تم اختياره ضمن أسرة التحرير لمجلة الخصوبة والعقم الأمريكية.  ويعتبر اهم ابحاثه فى 2014 البحث المنشور فى المجلة البريطانية للمسالك البولية والذى يشرح فيه طريقة حديثة ابتكرها لعملية توصيل الحبل المنوى بالبربخ باستخدام الميكروسكوب الجراحى لعلاج الإنسداد المنوى والتى تحقق نتائج مرضية للغاية.